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                  代謝組學常見問題(三):樣本基礎知識篇

                  發布日期:2020.03.24

                  圖片關鍵詞

                  01

                  什么類型的樣本更適合,樣本采集需要注意什么?

                  絕大多數可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學研究。常見的樣本主要有:臨床和動物的血清、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液;細胞和微生物、培養液和發酵液;植物的根、莖、葉、花等。
                  代謝每時每刻都在發生變化,我們需要研究的是某個或多個瞬時狀態,因此樣本采集一般需要保證“快速、一致、簡單”的,采集后通過低溫淬滅(如液氮淬滅或超低溫凍存等)的方法阻止離體后的樣本的代謝活動。另外,不同的檢測要求也需要配合不同的收集方法,具體步驟請參照譜領生物樣本收集步驟文件。

                  02

                  需要多少的生物學重復?

                  生物學重復指的是相同處理的相同類型的生物樣本的數量(如相同劑量給藥后2小時的小鼠采集并且相同儲存條件和處理方法血清樣本)。
                  相較于基因和蛋白,代謝物處于生命活動的下游,收到環境和遺傳背景等因素影響較大,生物學重復少可能會放大組內差異對于整體差異的影響,進而影響最終結果(如準確和足夠多的找出生物標志物)。因此根據不同的生物類型,需要不同的生物學重復來增加數據的可靠性和說服力。一般情況,不同類型的樣本生物學重復如下:

                  表格3.png

                  更加準確的信息可聯系譜領技術支持獲取。


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                  樣品收集方法及所需樣本量是什么?

                  根據不同的檢測要求,需要配合不同的樣本量和樣本采集方法,常規的方法和單個樣本量如下:
                  (1)     微生物和細胞樣本:細胞迅速猝滅細胞并冷凍保存;單個樣本細胞數量要求10^6。
                  (2)     動物體液(如尿、血、組織、器官、唾液):采樣后要迅速預處理,如加入抗凝血劑、防腐劑,并立即冷凍處理(-80 ℃);單個樣本要求體積為10μL。
                  (3)     植物樣本:采集后迅速冷凍(液氮),然后轉入-80℃保存,單個樣本要求質量為50mg;
                  (4)     血清樣品: 避免反復凍融。血液收集在離心管中靜置30分鐘進行凝血。8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存;單個樣本要求體積為50μL。
                  (5)     尿液樣品:臨床樣本請全部取清晨第一次尿液。尿液直接分裝到離心管中,8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存,-80度凍存;單個樣本要求體積為100μL。
                  (6)     其他樣本收集辦法請咨詢譜領工作人員。

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                  如何控制臨床樣本的質量?

                  對于臨床的樣本建議每組最低25個生物學重復,達到30例以上最佳。
                  因為臨床樣本受外界環境和遺傳背景影響較大,需要很多生物學重復來消除這些外在影響。此外,在樣本收集過程中,應保持收養的時間段和操作程序盡可能一致。

                  END

                  下一節,我們繼續講解代謝組學實驗方案相關的基礎知識。

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